O Comitê Gestor do CENABIO/UFRJ está composto pelo diretor (que o preside), o vice-diretor (substituto eventual), os diretores adjuntos de administração e de ensino, pesquisa e extensão, os diretores das 3 Unidades que compõem o CENABIO/UFRJ (Biologia Estrutural de Macromoléculas, Imageamento de Pequenos Animais, Microscopia Avançada), 3 representantes dos usuários de cada Unidade, 1 representante dos servidores técnico-administrativos e 1 estudante representando os pós-graduandos usuários. Frequentemente, participam convidados para a análise de temas específicos.