O CENABIO/UFRJ conta com duas instâncias colegiadas: o Conselho Gestor e a Diretoria.
O Conselho Gestor está composto pelo diretor (que o preside), o vice-diretor (substituto eventual), os diretores adjuntos de administração e de ensino, pesquisa e extensão, os diretores das 3 Unidades que compõem o CENABIO/UFRJ (Biologia Estrutural de Macromoléculas, Imageamento de Pequenos Animais, Microscopia Avançada), 3 representantes dos usuários de cada Unidade, 1 representante dos servidores técnico-administrativos e 1 estudante representando os pós-graduandos usuários. Frequentemente, participam convidados para a análise de temas específicos.
A Diretoria é composta pelo diretor, o vice-diretor, os diretores adjuntos e os diretores das 3 Unidades. O Conselho Gestor se reúne mensalmente, com sessões extraordinárias quando necessário. A diretoria se considera em reunião permanente. As formas de consulta ao pequeno corpo social são continuadas. Merece especial destaque a realização de Plenárias Científico-Sociais que congregam todo o corpo institucional do CENABIO/UFRJ, abertas aos usuários. Estes encontros combinam datas especiais ou festivas do calendário com eventos marcantes relacionados às atividades acadêmicas e são pautados pelas suas realizações. Os objetivos estratégicos, suas metas e suas ações são acompanhados e avaliados periodicamente em reuniões especiais dos colegiados acima descritos e em reuniões de planejamento.
